随着国家出台的系列支持农业发展的优惠政策，特别是《农民专业合作社法》颁布实施后，各地农企增加了不少。众多投资人投资农企多数看重的是节税这一诱人之处。确实农企业可以享受许多税收优惠，但是并不是只要投资了农企就可以享受到最大限度的税收利益，在实际工作中应把握好三“要诀”。
　　一、合理确定内部单位性质
　　在新兴的农企中单纯依靠销售农产品的不多，多数是将农产品深加工后再进行销售。这种情况就造成农企内部出现多个不同单位。要想获得最大税收利益，农企应该将这些内部单位的性质定性为独立核算的子厂或子公司。
　　【例】A公司是一家涉农企业，主要经营面粉。公司内部有农场和面粉加工厂两家单位，农场主要从事小麦种植，面粉加工厂主要从事小麦加工。2007年A公司实现销售面粉1000万元（不含税价格）。在农场与面粉厂均为A公司内部单位的情况下，A公司应缴纳的税款为：增值税=1000×17%=170万元（A公司的进项税额在此忽略）。城建税和教育费附加=170×（7%+3%）=17万元。A公司所负担的税款为187万元（其他税种在此忽略不计）。
　　假如农场与面粉加工厂分别成立独立核算的法人，A公司形成集团公司。农场以市场价格假设为450万元，将全部小麦销售给面粉厂。那么在此情况下农场是自产自销未经过加工的小麦，符合农业生产者自产自销农业产品的条件，可以享受免税优惠，其应纳税款为0.面粉厂在购进农场小麦时可计提13%的进项税额，面粉厂所应缴纳的增值税为：1000×17%－450×13%=111.5万元。城建税、教育费附加为：111.5×（7%+3%）=11.15。（其他税种在此忽略不计）在此种情况下A公司所负担的税款为122.65万元。与农场和面粉厂没有独立核算的情况相比，在农场与面粉厂分别独立核算后A公司少缴纳税款64.65万元。
　　二、理性选择采购对象
　　农企在选择采购农产品时，多数人认为向一般纳税人采购可以取得增值税专用发票，能够最大限度抵扣税款。因此他们在选择采购对象时都倾向于一般纳税人。其实自2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率由原来的10%提高到13%。因此农企在选择采购对象时，直接选择向农产品生产者收购，比向一般纳税人收购得到的税收利益还要大。
　　【例】B公司准备收购一批玉米，价值10000元。B公司直接向农产品生产者收购，则B公司凭收购凭证得到1300（10000×13%=1300）元的增值税进项税额。若B公司向一般纳税人收购，那么B公司凭所取得的增值税专用发票得到1150.44[10000÷（1+13%）×13%=1150.44]元的增值税进项税额。（10000元为含税价格）。
　　通过对比，就会发现同样是花费10000元，在直接向农产品生产者收购时可多抵扣将近150元的增值税进项税额。
　　三、力争成为一般纳税人
　　农企特别是一些刚刚创立的农企，为了节省人员工资等相关管理费用，往往不去申请一般纳税人资格。从表面看小规模纳税人比一般纳税人确实能够节省很多费用支出，但在税负方面小规模纳税人要比一般纳税人高出很多。
　　【例】C公司是一家粮油加工企业，2007年C公司实现销售收入100万元。假设C公司全年实现的增值额为10万元。那么在小规模纳税人情况下，C公司全年需要负担6.6万元的税款。（100×6%+100×6%×（7%+3%）=6.6，只包括增值税、城建税和教育费附加，其他税种在此忽略）。然而假如C公司申请办理了一般纳税人资格，那么C公司全年只需负担1.87万元的税款。（10×17%+10×17%×（7%+3%）=1.87，只包括增值税、城建税和教育费附加，其他税种在此忽略）（注：新增值税条例已经规定50万以上须办理一般纳税人资格，否则不得抵扣，且全额征税。）
　　在一般纳税人条件下C公司要少缴纳4.73（6.6－1.87=4.73）万元的税款。