十八届三中全会以来，内蒙古不断完善政府预算体系，完善转移支付制度，积极盘活存量资金，改革地方政府性债务管理机制，实行“省直管县财政”管理改革试点，规范非税收入管理，从而使预算管理制度改革成为全区财税改革重头戏。

　　在完善政府预算体系中，内蒙古初步建立由一般公共预算、政府性基金预算、国有资本经营预算、社会保险基金预算组成的政府预算体系，并督促81个部门公开了本部门预算和“三公”经费预算，自治区本级除涉密部门外，2012年以来“三公”经费年均下降18.5%。

　　在完善转移支付制度中，内蒙古建立基本公共服务支出保障机制，提高一般性转移支付比例，规范完善边境地区转移支付资金管理办法。2015年，内蒙古下达边境地区转移支付资金25.47亿元，中央首次将内蒙古纳入革命老区转移支付补助范围。

　　在盘活存量资金中，内蒙古全面清理统计盟市、部门截至2014年底的财政存量资金，加快推动自治区本级部门和盟市财政部门限期盘活存量资金。2015年，内蒙古存量资金规模较2014年下降了85.5%，盘活的存量资金调整用于重点项目建设。

　　在地方政府性债务管理机制改革中，内蒙古建立起“依法举债、规范用债、纳入预算、控制风险、注重绩效”的地方政府债务管理新机制。2015年，内蒙古发行地方政府债券1476.5亿元，其中用于置换存量债务的达到1140亿元，新增336.5亿元，有效防范了债务风险，保障了在建项目的后续融资。

　　在实行“省直管县财政”管理试点改革中，内蒙古从财政体制、转移支付、国库资金、财政结算和地方政府性债务管理等方面明确了自治区与试点旗县的关系，建立完善了保障各旗县工资发放的工资专户制度，出台了县级财政保工资、保运转、保基本民生的意见，并在分配地方政府债券资金时将试点旗县单列。

　　在规范非税收入管理中，内蒙古公布了自治区涉企行政事业性收费和政府性基金目录清单，清理取消、整合规范66项行政事业性收费。