土地增值税于1994年开征，但由于预征率较低等原因，一直没能充分发挥调节土地增值收益的作用。

　　在本轮房地产调控中，土地增值税又一次进入公众视野。4月份出台的 “新国十条”指出，税务部门要严格按照税法和有关政策规定，认真做好土地增值税的征收管理工作，对定价过高、涨幅过快的房地产开发项目进行重点清算和稽查。随后，重庆等地陆续出台的调控细则，也纷纷提到要加紧土地增值税清算。

　　《通知》指出，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，要按照发票金额来确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以销售合同的售房金额及其他收益确认收入。若销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。

　　为了减少开发商通过虚报开发费用等方式来避税的空间，《通知》明确，开发企业财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额；不能提供金融机构证明的，开发费用按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。其他房地产开发费用，按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。

　　此外，《通知》还明确了质量保证金、安置房费用、土地闲置费、契税等税费的扣除问题。《通知》最后指出，纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。

　　事实上，在上一轮房价暴涨的时候，有关部门便出台了土地增值税清算这一措施。2006年底，国税总局下发《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》，要求从2007年2月1日起全面清算土地增值税。其中列出了七种必须以及可以要求进行土地增值税清算的情况，包括开发商整体转让项目，直接转让土地使用权，项目销售率已达85%，项目三年未销售完毕等。但随后金融危机爆发，这一严厉政策未能得到执行。

　　而此次下发的《通知》，则是对土地增值税清算中要注意的细节问题进行明确，与2006年底国家税务总局下发的通知并不冲突，也就是说，2006年国税总局下发的通知至今仍然适用。