根据《税收征管法》的规定，纳税人未按照规定期限缴纳税款的、扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。在税务检查中，对查补税款是一定要加收滞纳金的。对税款按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金，虽然计算比例很低，但如果滞纳税款的时间较长，也可能形成一笔不小的数额。
    按照税务机关的检查程序，检查人员需对有关违法问题履行调查取证、整理案卷、审理、下达《税务处理决定书》等程序，一般要耗用较长的时间。而被查方通常是按照正常的工作程序，在收到《税务处理决定书》之后，到办税服务厅缴纳税款。加收滞纳金的起始时间是从滞纳税款之日起，而截止时间是实际缴纳税款之日，在纳税人没有实际缴纳税款之前，都属于滞纳时间。
    因此，对于税务机关查出的税款，如果税款额度较小，加收的滞纳金无足轻重，被查方可以等到税务机关下达《税务处理决定书》后再行缴纳；如果查出的税款额度较大，将加收不菲的滞纳金，被查方就应当考虑在税务机关下达《税务处理决定书》之前，尽早预缴查补税款，尽量缩短滞纳税款的时间，争取少交纳滞纳金。
    此外，被查方在预缴查补税款时，应注意如下几点：
    1.要通过“查补预缴模块”预缴查补税款。在税务机关的办公系统中，正常申报税款的缴纳与查补税款的缴纳是有区别的。被查方在提前预缴查补税款时，最好先向稽查局的工作人员咨询，然后按照税务人员的要求将税款通过CTAIS系统的查补预缴模块缴纳。
    2.预缴查补税款可以分次缴纳。相关税法和税务机关并没有规定只能预缴一次，被查方可以分次缴纳税款。