一、不同连锁经营形式适用不同的会计核算方式
　　所谓连锁经营是指经营同类商品、使用统一服务标识的若干门店，在同一总部的管理下，采取统一采购、统一配送、统一服务标准、统一形象、统一运营系统等方式从事经营，实现规模效益的商业组织形式。连锁经营主要有直营连锁、特许连锁、自愿连锁等形式。
　　直营连锁是指由总部直接投资、服从总部绝对控制的分店、分公司、区域总部等构成的经营体系；在直营连锁体系中，总部对各门店的人、财、物及商流、物流、信息流等方面实施统一管理。特许连锁是以商业特许经营方式组建的连锁经营体系，它是指由拥有技术和管理经验的总部，指导传授连锁店各项经营的技术经验，并收取一定比例的权利金及指导费，此种契约关系即为特许连锁。自愿连锁是指在某一龙头企业的统率下，一些中小零售企业通过自愿加盟的方式组成的经营联合体，自愿加盟体系中，商品所有权是属于自愿连锁的店主所有，而系统运作技术及商店品牌的专有信息则归总部持有。
　　连锁经营企业的会计核算由于连锁经营企业的经营方式不同，其会计核算的方法也不相同。目前，依照连锁经营商业企业经营规模和经营范围的大小，可以分为统一核算和独立核算两种方式。
　　直营连锁形式下的连锁经营企业通常采用统一核算方式。总部（含集团公司或总公司）实行独立的、统一的会计核算，分店（含子公司、分公司）不单独进行会计核算，经营中发生的各项经营费用，均向总部报账核销，分店的所有账目必须并入总部或地区总部账目，同时分店应根据管理的需要设置必要的辅助账簿，并定期与总部或地区总部对账，分店所有的资产、负债和损益，都归总部或地区总部统一核算。
　　特许连锁和自愿连锁方式下的连锁经营企业通常采用独立核算方式。独立核算方式是指总部和分店都是独立核算的会计主体，独立设置会计机构分别进行核算，并各自独立编制会计报表的核算方法。特许连锁和自愿连锁方式下，由于总部不给分店投资，所以各分店不需要上缴利润，只需要向总部支付一定的特许权使用费，所以采用独立核算方式比较合适。
　　二、不同的会计核算方式适用不同的纳税处理方式
　　连锁经营商业企业涉及的大税种主要有增值税和企业所得税，但是国家对连锁经营企业的增值税和企业所得税纳税处理的相关规定一则极为有限，二则已出台的相关政策难以跟上连锁经营的迅猛发展。
　　对于连锁经营企业增值税的缴纳，新的增值税暂行条例颁布之后，国家有关部门还未出台相关规定。而在财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号）中规定，在省、自治区、直辖市、计划单列市内跨区域经营的统一核算的连锁企业，需要实行由总机构向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税的，按照财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》（财税字[1997]97号）的规定。财税字[1997]97号规定，直营连锁企业经税务机关会同财政部门审批同意，即可由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。同一地区和城市的直营连锁企业，实行“总部——分店”管理模式。总部对分店的商品配送，作为内部移库处理，统一核算，统一申报缴纳增值税。跨地区经营的直营连锁企业，可在非总部所在地区或城市设置地区总部，实行“总部——地区总部——分店”的管理模式。总部对地区总部的商品配送，作为销售处理，由总部统一核算，统一向总部所在地主管税务机关申报、缴纳增值税。对自愿连锁和特许连锁企业，各门店独立核算，分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
　　对于连锁经营企业所得税的缴纳，财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号）规定，对省内跨区域设立的直营门店，由总部统一缴纳企业所得税，而对于自愿连锁和特许连锁，则由门店就地预缴。
　　由此可见，直营连锁和其他连锁形式在纳税方式上并不同，这是由于连锁方式不同而带来的管理和核算方式上的差异造成的。直营连锁采取由总部统一纳税，主要是因为门店与总部统一经营、联网销售、统一采购配送、统一核算，汇总纳税使得各门店的亏损互相弥补，尤其是在缴纳企业所得税时有利于企业汇总计算扣除标准，可以减轻整个企业的整体税负。而自愿连锁和特许连锁则不同，由于这两种连锁形式总店对门店的控制权弱，门店在会计上采用独立核算法，总店并不参与门店的经营，不分担门店的盈亏，只按合同收取加盟费或特许权使用费并给予技术支持，因此，采取由门店单独纳税的方式比较妥当。
　　三、连锁经营纳税处理方式存在的问题及改进建议
　　（一）直营连锁经营企业所得税纳税处理过于繁琐
　　根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）、《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财税[2008]10号）、《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）和《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2008]747号）的有关规定，企业所得税实行“统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库”的办法。之所以这样做，是考虑到地区财政利益分配问题，连锁经营企业所得税（其他中央和地方共享税种亦如此）纳税地点直接影响到地方财政收入，为了平衡地方财政利益，才作出了上述纳税程序调整。但这一方法，对应当汇总纳税的直营连锁企业来说，相比增值税直接由总店纳税的简单程序，纳税程序不仅过程繁琐，而且计算复杂，会计核算工作量大，门店分布区域越多，涉及的税务和会计人员越多，增加了纳税人的纳税成本，征税效益极低。
　　（二）直营连锁经营企业内部调拨商品物资缴纳增值税的问题
　　根据《增值税暂行条例实施细则》规定，设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售的，视同销售货物，应当缴纳增值税，货物移送当天为纳税义务发生时间。
　　直营连锁由总店统一纳税，会计上由总店统一核算，货物由总店采购和配送，而门店一般不具有法人主体资格，只是作为总店的一个销售机构，另外，还会出现门店之间相互调拨货物余缺，向配送中心退回货物等情况，根据《增值税暂行条例实施细则》规定，直营连锁经营企业内部调拨商品物资应视同销售缴纳增值税，这些内部调拨商品的情况导致计算缴纳增值税非常复杂。同时由于内部一进一销单纯的配送并未使货物发生增值。为此，笔者建议，鉴于直营连锁经营的特殊性，对直营连锁经营企业内部调拨商品物资不缴纳增值税。
　　（三）跨国连锁企业缴税问题
　　对于外资在我国开设连锁企业的，《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号）明确了外资企业跨区域连锁经营的，不区分连锁形式，统一实行由总机构向其所在地税务机关统一缴纳企业所得税的方式。但是对自愿连锁和特许连锁的加盟连锁门店除了有外资品牌和管理背景之外，和其他内资特许连锁门店并没有任何区别，如果还是由总店统一纳税，笔者认为这一规定既不合理，也不现实，应比照独立核算方式下由各分店就地缴纳企业所得税。
　　对我国企业在境外设立分支机构的，境外机构已在所在地纳税，我国税法允许其在国内限额抵扣，但境外机构的亏损不得抵扣境内机构的所得额。企业所得税法为了避免企业变相转嫁境外亏损，采取了一律不得在境内扣除的办法，这样做实际上是提高了企业的税负。
　　鉴于上述问题，笔者建议相关部门应充分考虑到连锁经营形式的特点，适应连锁企业迅速发展的要求，加快出台相关的既有利于方便企业纳税，降低企业税负，又能最大程度防止企业逃避税款的专门税收规定，以促进连锁经营企业的发展，为国家创造更多的税收利益。