交通运输业流转税以营业税为主，其营业税的计算基数为营业额，应该营业税是否及时足额缴纳，首先应该保证营业额是否及时足额确认。交通运输业中的营业额确认时间同一般营业税企业一致，但其数额确认确不同于一般行业，其主要采用了差额征收营业额确认办法。对于营业额的确认，应着手从两个方面去规范：  

　　一、收入申报的准确性 

　　1．收入申报的完整性 

　　收入申报完整性非常好理解，即收入是否完整的进行了申报，有无少报、漏报、瞒报现象。 

　　关注收入完整性主要从以下方面着手： 

　　（1）从成本着手，即从油耗，过路过桥费等运输业的直接成本等进行有效判断； 

　　（2）从绩效着手，企业需要绩效考核，进而进行差异化分配，从而鼓励先进，教育后进，因此通过对绩效的判断，有助于判断收入完整性； 

　　（3）从信息化着手，现代交通运输业需要“增收降本”，其主要手段就是通过信息化手段，如通过GPS对车辆进行管控，通过物流系统进行配载等； 

　　（4）从风险着手，交通运输行业是风险行业，包括运输工具风险，运输标的风险及第三人险。因此对交通运输行业的风险管控，不仅是企业自身的要求，也是政府监督的重要内容，如果企业过度承担风险而没有对应收入显然不经济。 

　　除了上面四个方面，企业还应从账目入手： 

　　（1）分析往来账户，是否将货款挂在预收项目，挂在应付项目，其他应付项目等等，结合账龄和收款方法进行充分判断。 

　　（2）代收款项是否按价外费用正确申报，《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第十四条规定，条例第五条所称价外费用，包括向对方收取的手续费、基金、集资费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的价外收费。价外费用，无论会计制度规定如何核算，均应并入营业额计算应纳税额。《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则（修订）》第十三条规定，条例第五条所称价外费用，包括收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、罚息及其他各种性质的价外收费，但不包括同时符合以下条件代为收取的政府性基金或者行政事业性收费：（一）由国务院或者财政部批准设立的政府性基金，由国务院或者省级人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费；（二）收取时开具省级以上财政部门印制的财政票据；（三）所收款项全额上缴财政。2008年和2009年对价外费用的规定无本质差异。2009年明确价外收费不包括同时符合3个条件的代为收取的政府性基金或者行政事业性收费。价外收费注意奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、罚息、装卸搬运收入、运输票价中包含的保险费收入、燃油附加费、随票收取的各种交通建设基金及其他。 

　　（3）境内运输货物或旅客出境有否作为在境内提供劳务进行申报纳税。2008年和2009年境内提供应税劳务的税收规定无实质差异，2008年规定“在境内载运旅客或货物出境”，2009年规定“提供或者接受条例规定劳务的单位或者个人在境内”。 

　　（4）有无将成本费用直接冲抵收入的现象。 

　　2．收入申报的及时性 

　　财政支出是有计划的，税收收入存在的计划性，反映在税收政策上就体现为收入申报要求及时，对应在税收政策上，就对营业税纳税义务发生时间有明确规定： 

　　《中华人民共和国营业税暂行条例》第九条规定，营业税的纳税义务发生时间，为纳税人收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》无对应规定 

　　《中华人民共和国营业税暂行条例（修订）》第十二条规定，营业税纳税义务发生时间为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产并收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。国务院财政、税务主管部门另有规定的，从其规定。《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则（修订）》第二十四条规定，条例第十二条所称收讫营业收入款项，是指纳税人应税行为发生过程中或者完成后收取的款项。条例第十二条所称取得索取营业收入款项凭据的当天，为书面合同确定的付款日期的当天；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为应税行为完成的当天。 

　　一次性预收账款分次运输和分期收款业务是否按规定时间及时结转收入，2008年的税收规定为纳税人收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。2009年的规定为书面合同确定的付款日期的当天，未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为应税行为完成的当天。 

　　二、扣除额的合规性 

　　1.扣除项目合规性 

　　《中华人民共和国营业税暂行条例（修订）》第五条：纳税人将承揽的运输业务分给其他单位或者个人的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位或者个人的运输费用后的余额为计税营业额。 

　　需要注意，纳税人必须承揽的是运输业务；纳税人只能扣除支付给其他单位或个人的运输费用，支付的其他费用不能扣除。 

　　比较一下过去交通运输费用扣除项目规定： 

　　（1）原条例和细则 

　　《中华人民共和国营业税暂行条例》运输企业自中华人民共和国境内运输旅客或者货物出境，在境外改由其他运输企业承运乘客或者货物的，以全程运费减去付给该承运企业的运费后的余额为营业额。 

　　《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》运输企业从事联运业务的营业额为其实际取得的营业额。 
　　《国家税务总局关于营业税若干征税问题的通知》（国税发[1994]159号）规定，联运业务，是指两个以上运输企业完成旅客或货物从发送地点至到达地点所进行的运输业务。联运的特点是一次购买、一次收费、一票到底。 联运业务以其实际取得的收人为营业额，即指运输企业开展联运业务时，以收到的收入为扣除支付给以后的承运者的运费、装卸费、换装费等费用后的余额。 

　　（2）财税[2003]16号及国税发[2003]121号 

　　《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号），自2003年1月1日起执行，经地方税务机关批准使用运输企业发票，按“交通运输业”税目征收营业税的单位将承担的运输业务分给其他运输企业并由其统一收取价款的，以其取得的全部收入减去支付给其他运输企业的运费后的余额为营业额。 

　　《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）规定， 对自开票纳税人的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。 

　　以上所称联运必须同时符合以下条件：（一）自开票纳税人必须参与该项货物运输业务；（二）联运合作方向自开票纳税人开具货物运输业发票；（三）自开票纳税人必须将其接受的货物运输业发票作为原始计账凭证，妥善保管，以备税务机关检查。 

　　值得关注的是，尽管2009年1月1日执行新的营业税相关规定，但是《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）关于“代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税营业额为代开的货物运输业发票注明的营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用”的规定，并未在修订之内，即仍然有效。 

　　另外对于联运行业的定义，2007年已经取消，《国家税务总局关于使用新版公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》（国税发[2006]67号）这样表述“鉴于联运货物运输业务与公路、内河货物运输业务内容基本相同，为了便于统一管理，方便纳税人对发票的使用，凡从事货物运输业联运业务的纳税人可领购、使用《货运发票》。” 

　　2.扣除凭证合规性 

　　《中华人民共和国营业税暂行条例（修订）》第6条：纳税人按照本条例第五条规定扣除有关项目，取得的凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，该项目金额不得扣除。 

　　《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则（修订）》第19条：条例第六条所称符合国务院税务主管部门有关规定的凭证（以下统称合法有效凭证），是指： 

　　（一）支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以该单位或者个人开具的发票为合法有效凭证； 

　　（二）支付的行政事业性收费或者政府性基金，以开具的财政票据为合法有效凭证； 

　　（三）支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明； 

　　（四）国家税务总局规定的其他合法有效凭证。 

　　比较过去的规定： 

　　（1）《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号，自2003年1月1日起执行）第四条“关于营业额减除项目凭证管理问题”的规定，营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或合法有效凭证；支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证、外方公司的签收单据或出具的公证证明。（此条款已废止或失效） 

　　（2）《国家税务总局关于新版公路 内河货物运输业统一发票有关使用问题的通知》（国税发[2007]101号）规定，自2007年9月1日起，公路、内河联合货物运输业务，是指其一项货物运输业务由两个或两个以上的运输单位（或个人）共同完成的货物运输业务。运输单位（或个人）应以收取的全部价款向付款人开具货运发票，合作运输单位（或个人）以向运输单位（或个人）收取的全部价款向该运输单位（或个人）开具货运发票，运输单位（或个人）应以合作运输单位（或个人）向其开具的货运发票作为差额缴纳营业税的扣除凭证。 

　　3.支付境外运输费用的扣除 

　　随着中国进出口贸易的发展，国际间的运输合作越来越多，可（需要）扣除的境外运输费用也日渐增多，比较新旧规定，财税[2003]16号规定“支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证、外方公司的签收单据或出具的公证证明”，修订后的营业税实施细则这样规定，“支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明”，“签收单据”是必须的，“付汇凭证”取消了，“公证证明”按需提供。 

　　按照《国家外汇管理局、国家税务总局关于服务贸易等项目对外支付提交税务证明有关问题的通知》（汇发[2008]064号）及《国家外汇管理局 国家税务总局关于进一步明确服务贸易等项目对外支付提交税务证明有关问题的通知》（汇发[2009]52号）相关规定，境内机构或个人对外支付进口贸易项下境外机构获得的国际运输费用，国际空运和陆运项下运费及相关费用，无需办理和提交《服务贸易、收益、经常转移和部分资本项目对外支付税务证明》；对外支付外国公司船舶运输收入应当按规定提交税务证明的，按照《国家税务总局 国家外汇管理局关于加强外国公司船舶运输收入税收管理及国际海运业对外支付管理的补充通知》（国税发[2002]107号）的规定执行。 

　　按照《国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》（财税[2009]111号）规定，自2009年1月1日起境外单位或者个人在境外向境内单位或者个人提供的完全发生在境外的《中华人民共和国营业税暂行条例》（国务院令第540号，以下简称条例）规定的劳务，不属于条例第一条所称在境内提供条例规定的劳务，不征收营业税。对于支付给境外运输机构承担的境外运输费用不需要承担扣缴营业税的义务。 

　　上述规定是目前仅有的对支付境外运输费用进行管理的规定，但实际上我们注意到，实际支付境外运输费用的对象并不是实际承运人，因为从第三方物流开始，物流服务提供商与实际承运人就发生了分离，因此如何判断支付境外费用的真实有效值得关注。 

　　4.其他扣除规定 

　　（1）航空包机业务税项扣除 

　　《国家税务总局关于航空运输企业包机业务征收营业税问题的通知》（国税发[2000]139号），航空企业从事包机业务，包机公司向旅客或货主收取的运营收入，其应税营业额为向旅客或货主收取的全部价款和价外费用减除支付给航空运输企业的包机费后的余额。 

　　（2）试点物流企业运输业务税项扣除 

　　《国家税务总局关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》（国税发[2005]208号）规定，自2006年1月1日起，试点企业将承揽的运输业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他运输企业的运费后的余额为营业额计算征收营业税。 

　　（3）客运飞机腹舱联运业务税项扣除 

　　《国家税务总局关于客运飞机腹舱联运收入营业税问题的通知》（国税函[2005]202号）规定，中国国际航空股份有限公司（简称国航）与中国国际货运航空有限公司（简称货航）开展客运飞机腹舱联运业务时，国航以收到的腹舱收入为营业额；货航以其收到的货运收入扣除支付给国航的腹舱收入的余额为营业额，营业额扣除凭证为国航开具的“航空货运单”。 

　　随着交通运输行业的税收政策方向日渐明确，运输发票纳入防伪税控系统，信息化管税成为趋势，但是我们必须注意到当前纳入防伪税控的运输发票还仅限于公路、内河运输，内海及近海货物运输，铁路运输、航空运输、海洋运输的货物运输业发票并没有纳入系统，无法对数据进行比对。这就意味着，对交通运输行业营业额扣除项目要充分关注，特别关注铁路、航空运输、海洋运输等运输费用真实性合规性的检查，具体包括以下方面： 

　　（1）关注相关运输标的的风险承继，即运输本身存在着风险，当自己承揽运输时，相关风险通过合理的控制可以达到有效地控制，而当委托他人运输时，相关风险必须承继给受托人。纳税人在自查时可以充分关注及有效比对承揽合同及委托合同的相关条款。 

　　（2）判断委托价格的合理性，交通运输业本身是个充分竞争的行业，其影响价格的因素主要包括运输里程，运输吨位，还有重要的一个外部因素即油价，还包括过路过桥费等。 

　　（3）注意接驳细节，发生委托运输必然涉及接驳，包括接驳地点，接驳时间，是否需要接驳工具等等。 

　　（4）支付境外运输费用，应从支付对象，支付渠道去关注实际收款方是否提供了真实的运输服务。