部门预算，通俗地说就是“一个部门一本预算”，是由政府各部门编制，经财政部门审核后立法机关审议通过，反映和部门所有收入和支出的预算。部门预算符合国际通行惯例和我国社会主义市场经济形势下建设公共财政的需要，是大势所趋，而且，近几年来从国家中央财政到地方区县财政都在不同范围和程度上陆续尝试推行了这项改革，但从实践上看，各地部门预算管理改革效果欠佳，与理论或理想目标差距较大。
　　一、现行部门预算管理制度体系的缺陷
　　现实预算管理法规制度体系滞后于现行部门预算管理改革步伐，部门预算在地方尤其是基层区县一级难以实质推进。
　　1.行政管理体制及公共财政制度比较脆弱
　　由于我国现行行政管理体制存在与市场经济发展要求不合拍的诸多问题，公共财政政策和制度的不合理、不规范造成了比较脆弱的经济政治大环境，因此，在当前大范围地推行部门预算是相对地“超前”了――超越了现时政治经济体制环境能够提供的机制功能界限，或者反过来说，现行政治经济管理体制满足不了现时部门预算管理改革的需要。财政部门在并无相应地位可以协调部门利益的情况下，从一定程度上代行了西方议会式的财力分配权，导致部门内部财力安排的所有问题汇集于统一的部门预算中，财政必然在改革中成为部门利益矛盾的焦点。深层探讨和改革政府与市场关系、政府行政管理体制、各级政府事权财权关系，进一步完善和规范公共财政制度，并逐步将其法制化，实现依法行政，依法理财，已经迫在眉睫。
　　2.预算管理法律制度比较落后
　　1995年1月1日，我国颁布和实施了第一部《预算法》，随后国务院又跟进颁布了《预算法实施条例》，但与实行部门预算的实践要求相比，还存在着急需改进和完善的地方。比较突出的问题是，虽然要求按照“两上两下”程序编制预算以及对收入、支出编制口径、批复时间等方面做出了相应规定，但大都是粗放型、伸缩型较大的一般规定，而且一切规定已经明显落后于现实需要，地方越来越难于掌握和具体执行下去。
　　3.非税收入法律制度不规范
　　财政收入以税收收入为主，非税收入为辅。与此相对应，财政收入法律制度包括税收收入法律制度和非税收入法律制度。前者作为国家组织财政收入主体，各税种基本上都有法律或行政法规作为法律依据，税收法律体系框架至少从形式上看已基本形成。但包括政府性收费、政府性基金收入和政府债务收入等在内的非税收作为现阶段国家及地方政府财政收入的重要组成部分，单项与整体立法明显滞后于前者，而且所立现行法规制度的系统性差，有的甚至与其他法律法规相抵触。
　　4.地方配置法规制度不成体系
　　部门预算编制、执行和监督难，深层原因之一是地方现行部门预算管理法规制度不成体系。一是外围的地方行政管理机制落后，重点是政府机构臃肿及人员庞大超编问题。二是现行的地方预算管理法规制度部门色彩浓，很难具有或代表国家及地方政府权威。三是零基预算、综合预算制度缺乏可操作性。四是财政部门内部科室之间协调制度呆板，信息联动反应机制迟钝。五是部门预算的项目和数据不实，财政监督法规制度对于监督部门预算不免流于形式。
　　二、重构部门预算管理制度体系的设想
　　1.加强行政管理体制改革和公共财政制度建设
　　预算制度以政治制度为根本，没有相应政治制度改革为基础，预算管理手段或模式的单兵突进只会起到管理技术或形式上改革的效果，而不可能取得实质性的社会经济效益。当前，部门预算之所以在地方尤其是基层区县难以取得实质性的进展，首当其冲的原因就在于我国宏观调控制度改革滞后、各级地方政府事权不明而造成的。按照社会主义市场经济要求，财政的基本职责应为社会提供市场无力或无法提供的公共产品与服务，为市场有序运转提供外部条件，促进宏观济济稳定，提高经济社会运行效率。针对目前中央与地方政府间的事权、财权分以及中央对地方的转移支付、专项补助等方面存在的大量的制度体系缺陷问题，又有鉴于中央财政宏观调控任务加重、基层财政事权范围扩大的事实，当务之急是要明确政府与市场作用的范围，首先界定各级政府的事权，划分各级政府的支出责任。合理配置各级政府的财力，尤其是要改革和调整省以下的地方财政体制，确保地方政权的正常运转，缩小地区之间的财力差距，促进地方经济和社会全面发展。
　　2.修改《预算法》及其实施条例和出台《部门预算实施条例》
　　一方面，重修《预算法》和《预算实施条例》。一是实行标准周期预算制度。通行的说法包括三个阶段：预算编制阶段（从当年预算编制年度的上年初至年末，期限为12个月），对上年预算执行情况进行分析和绩效评价，结合本年度预算执行情况，编制下一年预算；预算执行阶段（从当年初至年末，期限为12个月），组织执行本年预算，分析预算执行情况，办理预算调整和变更；决算阶段（从当年预算年度终了后的下一年初至6月末，期限为6个月），组织编制决算草案和报批，对预算执行结果进行分析总结和绩效评价。以上标准周期为30个月，对此，笔者尚存疑义，因为以上三个阶段是前赴后继、相辅相成、首尾呼应的，如果上一个预算年度的决算定论还没有完成，而且当年预算也已在执行与不断调整的过程中，又同时开始进行下一个年度的预算编制工作，显然会因交错运行与依据不足而致缺乏科学性和实用性，而如果从次年6月决算结束后开始编制下年度预算似乎更为妥当。这对省以下地方各级财政而言更显必要，所以标准预算周期应为24个月。二是进一步明确预算收支编制范围。将政府性收费及罚没收入、政府性基金等尚没有从法律上完整纳入的收支项目明确规定纳入政府预算直接管理范畴之内，从立法角度确立“综合预算”在政府则政管理中的法律地位，保证部门预算编制和执行内容的全面与完整。另一方面，修改与《预算法》及《预算法实施条例》相冲突的相关专门法律法规。对国务院各主管部门以及各级地方政府出台的专门法规进行认真清理，对于干扰公共财政建设、肢解预算调控职能的相关法律法规予以取缔，譬如现行社会保障、农业、科学技术进步、教育、计划生育、卫生、文化、环保等很多方面的法律法规，都以铁的原则规定了相关经费必须占财政预算比例或增长幅度及至财政“兜底”的硬性规定，皆属此类。在此基础上，可考虑由国务院颁布《部门预算实施条例》，将原预算法规中没有明确界定部门预算的事项逐一陈列出来，完整、全面地规定部门预算的编制原则、方法、口径、政府收支分类、绩效评价等关键内容，为地方政府今后深层推进部门预算提供依法理财权威根据。
　　3.改革非税收入管理制度
　　非税收入尤其是大量的预算外资金长期“体外”循环，游离于财政预算监控之外，使得以综合财政预算为主要方法编制部门预算的管理改革举步艰难。为充分体现“大收入、大支出”的公共财政管理理念，在当前全国农村税费改革全面铺开和落实之际，很有必要从上至下对政府性收费、基金开展一次彻底的清理。首先从项目清理入手，对不合法、不合理的收费和基金项目坚决取消；对具有税收性质的收费进行“费改税”，实行由税务直接征收入库；对一部分确需保留的收费严格执行“收支两条线”管理规定，由单位直缴、财政开票、银行代收。为执行完整的国家预算概念，建议尽早取消专门用于预算外资金收缴的“财政专户”，按照国际惯例确需保留的政府行政规费直接缴入会计核算中心或国库单一帐户，直接统筹预算内、外资金同时进入部门预算编制和管理体系的“笼子”，为真正落实综合预算、零基预算管理办法打下基础，逐步淡化并最终消除传统意义上的“预算外资金”，解决长期以来预算外资金收支挂钩、部门所有使用的惯性，实现“所有权归国家、调控权归政府、管理权归财政”的“三权”复位。